在福州等閩北、閩東等地基本穩定下來後，解放軍決定發動漳廈金戰役，初步決定，第一階段攻克漳州，第二階段攻克廈門和金門。
29軍於9月11日攻占湄州島。9月14日28軍攻占大練島。9月16日夜，解放軍第28軍一次性渡海3個師9個團向平潭島發起攻擊，至16日攻克平潭島，殲滅守軍第74軍、第73軍8,000餘人。同時，第29軍一部攻占了南日島。平潭島與南日島戰鬥掃清了第十兵團主力南下閩南作戰的瀕海交通補給線。
9月18日，開始第一階段的漳州戰役。解放軍第31軍第一梯隊的第93師、第92師由南安、安溪兵分兩路向漳州進軍，第29軍由泉州向澳頭、集美地區進軍。19日，第93師主力占領同安，第279團搶占了江東橋，漳州守軍第68軍當天下午棄城向東南撤逃。20日凌晨，由漳州棄城東逃的國軍第68軍軍部及所屬81師在石碼鎮等船逃往廈門，遭到解放軍第275團3營追擊突襲，國軍第68軍參謀長張星伯被迫率部投降。至25日，第29軍攻占了海澄、港尾、嵩嶼、集美、澳頭等地。第10兵團的漳州戰役共殲敵2萬3,000餘人，基本肅清了福建陸上的國軍。
從9月26日，十兵團在泉州召開作戰會議，研究攻擊廈門和金門的方案。當時提出了三個方案，即：1、金廈並取 2、先金後廈 3、先廈後金。經過討論，會議決定採取第一方案，金廈並取。10月4日，兵團下達作戰預令：以31軍3個師、29軍2個師，共5個師進攻廈門；以28軍1個加強師並指揮29軍2個團，共2個師進攻金門。據當時的戰役指揮葉飛後來回憶，當時的準備工作主要是準備船隻。船隻問題，在之前攻取平潭、泉州時也發生過，同樣是因為這個原因，進攻廈門、金門的時間已經推延了三次。在中共龍溪地委、晉江地委的協助下，十兵團於石碼、同安、南安、晉江沿海一帶徵集了木船630餘條、船工1,600餘人，並製作了大量簡便救生漂浮器材。至十月上旬，解放軍29軍只有載運3個團的船隻，31軍有3個多團的船隻，而28軍只有一個多團的船隻。閩南沿海載重5噸的虎網船，每條船上4個人搖櫓，坐着40名戰士，配備一挺重機槍，兩片大水泥板擋在船頭作掩護。船上配備用木板和竹子做成的三角板用作救生。 十兵團領導決心改變原定方案，先攻取廈門，而後攻擊金門，於10月7日把這一決心電報給三野首長。
蔣中正於10月8日率軍政要員多人抵廈門巡視。
10月9日夜解放軍第29軍87師259團加強28軍84師251團第2營發起大嶝島登陸戰，至10日晚，全殲守軍，奪占該島。11日夜，28軍84師251團乘勝攻占小嶝島。15日，28軍82師245團攻占角嶼。共計殲滅國軍25軍40師118團、119團，後增援18軍11師31團共計三個多團，完成了進攻廈門的前期掃清外圍任務。
10月11日，第三野戰軍電復10兵團：
為防敵逃跑，最好同時攻打廈門、金門，但從敵我雙方實際情況考慮，以5個師攻打廈門有把握，同時以2個師攻打金門是否有把握？如條件比較成熟，則可同時發起攻擊。否則是否以一部兵力（主要加強炮火封鎖敵船阻援與截逃）牽制金門之敵，此案比較妥當。究竟怎麼打，請你們依實情辦理，自行決定之。
10兵團根據三野這一指示，遂決定以第31軍及第29軍攻取廈門，以第28軍攻取大、小嶝島，並作攻金門的準備，待攻占廈門後，再打金門。 10月13日，第10兵團作出進攻部署：以第31軍在鼓浪嶼至石湖山碼頭地段登陸突破，以第29軍主力2個師在石湖山碼頭東側至五通碼頭地段突擊上陸；登陸部隊首殲北半島之國軍，爾後南北夾擊殲滅南半島之國軍；以第28軍1個師又1個團位於蓮河、圍頭一帶，監視並以少量炮火牽制金門之國軍，如金門國軍增援廈門或撤退台灣，則立即對金門發起攻擊。